وعانى أبو بكر من مشاكل صحية في الأعوام العشرة الأخيرة، حيث أجرى عملية قلب مفتوح في ألمانيا، ثم أدخل إحدى المصحات لفترة امتدت لأشهر، كما أدخل عدة مرات إلى المشفى لتعرضه لوعكات صحية.